Główny bohater serialu "Trzynasty apostoł" - Gabriel Antinori (Claudio Gioè) jest młodym księdzem i profesorem teologii, który wykłada na uniwersytecie. W swojej pracy koncentruje się na badaniu i przekraczaniu granic pomiędzy nauką, wiarą i zjawiskami paranormalnymi. Kieruje nim chęć poznania tajemnic życia, w tym celu współpracuje z instytucją o nazwie „Kongregacja Prawdy”. Pierwszym przypadkiem, który bada są lewitujące, sześcioletnie bliźniaki. Na miejscu spotyka Claudię Munari (Claudia Pandolfi) - ładną i czarującą psychoterapeutkę, która wierzy, że wszystko ma swoje racjonalne wytłumaczenie. Wzajemna fascynacja zacieśnia ich współpracę. Razem próbują dociec prawdy, która okazuje się wychodzić daleko poza ich racjonalne i religijne przekonania. Gabriel zaczyna podejrzewać, że „Kongregacja Prawdy” nie zajmuje się badaniem paranormalnych zjawisk samych w sobie, tylko poszukuje sposobu na pokonanie tajemniczego wroga, który czai się za ich kulisami i ma jasny cel, którego on na razie nie pojmuje...